Wilayah Hukum Pengadilan Agama Bolaang Uki, mencakup seluruh wilayah kecamatan Bolaang Uki yang meliputi 7 (tujuh) Kecamatan dengan 81 Desa, yaitu :
Desa TabilaaKecamatan Bolaang Uki meliputi:
- Desa Tolondadu
- Desa Tolondadu I
- Desa Tolondadu II
- Desa Sondana
- Desa Pintadia
- Desa Popodu
- Desa Molinagu
- Desa Toluaya
- Desa Soguo
- Desa Salongo Timur
- Desa Salongo Barat
- Desa Salongo
- Desa Pinolantungan
- Desa Dudepo
- Desa Dudepo Barat
- Desa Tangagah
Kecamatan Helumo meliputi:
- Desa Biniha Timur
- Desa Biniha Selatan
- Desa Biniha
- Desa Duminanga
- Desa Trans Pato'a
- Desa Bakida
- Desa Sinandaka
- Desa Soputa
- Desa Pangia
- Desa Motoluhu
- Desa Halabolu
Kecamatan Tomini meliputi:
- Desa Botuliodu
- Desa Tolutu
- Desa Nunuka Raya
- Desa Milangodaa
- Desa Milangodaa Barat
- Desa Milangodaa Utara
- Pakuku Jaya
Kecamatan Posigadan meliputi:
- Desa Sinombayuga
- Desa Sakti
- Desa Luwoo
- Desa Pilolahunga
- Desa Ilolehuma
- Desa Momalia I
- Desa Momalia II
- Desa Momalia III
- Desa Meyambanga
- Desa Meyambanga Timur
- Desa Tonala
- Desa Manggadaa
- Desa Saibuah
- Desa Lion
- Desa Molosipat
- Desa Inosota
Kecamatan Pinolosian meliputi:
- Desa Linawan
- Desa Linawan I
- Desa Nunuk
- Desa Ilomata
- Desa Pinolosian
- Desa Pinolosian Selatan
- Desa Tolotoyon
- Desa Kombot
- Desa Kombot Timur
- Desa Lungkap
Kecamatan Pinolosian Tengah meliputi:
- Desa Mataindo
- Desa Mataindo Utara
- Desa Torosik
- Desa Adow Selatan
- Desa Adow
- Desa Deaga
- Desa Tobayagan
- Desa Tobayagan Selatan
Kecamatan Pinolosian Timur meliputi:
- Desa Motandoi
- Desa Motandoi Selatan
- Desa Dumagin A
- Desa Dumagin B
- Desa Onggunoi
- Desa Onggunoi Selatan
- Desa Pidung
- Desa Dayow
- Desa Modisi
- Desa Iligon
- Desa Posilagon
- Desa Perjuangan