Pengadilan Agama Bolaang Uki sebagai salah satu Lembaga Peradilan yang menyelenggarakan Kekuasaan Kehakiman dengan tugas pokok sebagaimana tersebut dalam Undang-undang Nomor 7 tahun 1989 Tentang Peradilan Agama, yang dirubah dengan Undang-undang Nomor 3 tahun 2006 dan terakhir dirubah dengan Undang-undang Nomor 50 tahun 2009, yakni : Menerima, memeriksa dan mengadili serta menyelesaikan perkara di tingkat pertama antara orang-orang yang beragama Islam di bidang :
- Perkawinan
- Waris
- Wasiat
- Hibah
- Wakaf
- Zakat
- Infaq
- Shadaqah dan
- Ekonomi Syari’ah
Pengadilan Agama sebagai salah satu pelaksana Kekuasaan Kehakiman menegakan Hukum dan Keadilan, dalam pelaksanaannya dijabarkan sebagai berikut :
- Menerima perkara sesuai dengan wewenangnya
- Memeriksa perkara sesuai hukum acara yang berlaku
- Mengadili serta menyelesaikan perkara sesuai dengan Peraturan Perundang-undangan yang berlaku
Selain tugas pokok dan fungsi tersebut, Pengadilan Agama Bolaang Uki juga mempunyai tugas lainnya sebagai berikut :
- Memberikan keterangan, pertimbangan dan nasehat tentang hukum Islam kepada instansi Pemerintah di daerah hukumnya, apabila diminta sebagaimana diatur dalam pasal 52 ayat (1) undang-undang nomor Undang-undang Nomor 7 tahun 1989 Tentang Peradilan Agama, yang dirubah dengan Undang-undang Nomor 3 tahun 2006 dan terakhir dirubah dengan Undang-undang Nomor 50 tahun 2009.
- Memberikan pelayanan penyelesaian Pertolongan Pembagian Harta Peninggalan (P3HP) diluar sengketa antara orang-orang yang beragama Islam sebagaimana diatur dalam pasal 107 ayat (2) Undang-undang Nomor 7 tahun 1989 Tentang Peradilan Agama, yang dirubah dengan Undang-undang Nomor 3 tahun 2006 dan terakhir dirubah dengan Undang-undang Nomor 50 tahun 2009.
- Waarmerking Akta Keahliwarisan dibawah tangan untuk pengambilan deposito / tabungan, pensiunan dan sebagainya.
- Melaksanakan tugas-tugas pelayanan lainya seperti penyuluhan hukum, dan sidang Itsbat ru’yatul hilal apabila ada yang mengajukan, memberikan pelayanan riset/penelitian, pengawasan terhadap penasehat hukum